Anotación de genomas
COG anotación
Comandos:
| anvi-run-ncbi-cogs -c contigs.db --temporary-dir-path home/vamora/BioSEA/genomas/20181221_Pinto1/reads/assembly_BT28_spades/reformatear--num-threads 20 aa_sequences.fa diamond-search-results.daa diamond-search-results.txt |
16S
La secuenciación del ARN ribosomal 16S al día de hoy es de gran utilidad para la asignación y clasificación taxonómica. Esta molécula ha sido reconocida como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra en todos los organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la secuencia probablemente se mantengan.
Anvio incluye en sus herramientas la recuperación de secuencias de genes ARN ribosómico.
El primer paso es ejecutar los perfiles HMM que se incluirán en la base de datos perfiles ARN ribosómicos.
Comandos:
| anvi-run-hmms -c GENOME.db --num-threads 10 |
Ahora, se verificará las diferentes bases de datos que estan disponibles en Anvio, en este caso se utilizó la base de datos Campbell_et_al que es la que mostraba mayor cantidad de genes detectados.
| anvi-get-sequences-for-hmm-hits -c GENOME.db --list-hmm-sources |
Finalmente, se agregará al mismo comando un parámetro de salida del gen de interés en este caso 16S.
| anvi-get-sequences-for-hmm-hits -c GENOME.db --hmm-source Campbell_et_al --gene Bacterial_16S_rRNA -o sequences.fa |